Durante a Aventura em Hoenn irás lutar contra uma das duas Equipas maléficas da região.

Se comprares o jogo Pokémon Omega Ruby, irás lutar contra a Team Magma que tem como objetivo expandir a área da superfície terrestre, afim de aumentar a área que poderá ser trabalhada pela humanidade, para obterem uma evolução e um desenvolvimento ainda maiores. Eles acreditam que trabalhar para a coexistência equilibrada entre Pokémons e Humanos é uma ideia absurda e que apenas irá atrasar o progresso da humanidade. Ironicamente eles trabalham juntamente com Pokémons para obterem este objetivo.

Caso compres o jogo Alpha Sapphire irás enfrentar a Team Aqua que tem como objetivo expandir os Mares de modo a recuperarem os Habitats ricos dos Pokémons, perdidos devido ao desenvolvimento e ganância da Humanidade. Como o mar é a origem de toda a vida, eles querem recriar um Lar ideal para todos os Pokémons.(Acho que os Pokémons Tipo Fogo não concordariam lá muito.)

Mas uma coisa que irá acontecer é que em ambos os jogos irão aparecer as duas equipas.

Ou seja, caso compres a versão Omega Ruby, a Team Aqua irá ajudar-te a parar os planos da Team Magma, e caso compres a versão Alpha Sapphire será a Team Magma a ajudar-te frente aos planos da Team Aqua.