Tal como em todos os jogos da série Mystery Dungeon, é possível capturar todos os Pokémons Lendários. Os métodos para os obter são variados, podendo ir desde completar uma Quest, derrota-los no fim de uma Dungeon ou simplesmente encontrá-los no meio do mundo.

Articuno

Tipo: &

Localização: Blue Point – Platinum Rank

Zapdos

Tipo: &

Localização: Yellow Point – Depois de derrotar o Moltres

Moltres

Tipo: &

Localização: Red Point – Depois de derrotar o Articuno

Mewtwo

Tipo:

Localização: Island of Isolation – Gold Rank

Mew

Tipo:

Localização: Imediatamente após o Epílogo

Raikou

Tipo:

Localização: Missão via Connection Orb – Conectar com Entei

Entei

Tipo:

Localização: Fire Island Volcano – Platinum Rank

Suicune

Tipo:

Localização: Misão via Connection Orb – Conectar com Raikou

Lugia

Tipo: &

Localização: Sea Shrine – Conectar com Zapdos

Ho-Oh

Tipo: &

Localização: Prims Bridge – Conectar com Lugia

Celebi

Tipo: &

Loaclização: Presente quando alcançares o Master Rank

Celebi Shiny

Tipo: &

Loaclização: Missão via Connection Orb – Conectar com Mesprit

Regirock

Tipo:

Localização: Conectar com Regigigas

Regice

Tipo:

Localização: Conectar com Regigigas

Registeel

Tipo:

Localização: Conectar com Regigigas

Latias

Tipo: &

Localização: Missão via Connection Orb – Master Rank

Latios

Tipo: &

Localização: Conectar com Latias

Kyogre

Tipo:

Localização: Chegar ao último Andar numa Missão – Master Rank

Groudon

Tipo:

Localização: Chegar ao último Andar numa Missão – Master Rank

Rayquaza

Tipo: &

Localização: Dragon Guard – Ace Rank

Jirachi

Tipo: &

Localização: Completar o Epílogo e Conectar com a Society

Deoxys

Tipo:

Localização: Completar a Dungeon Meteorite Site – Conectar com Mewtwo

Uxie

Tipo:

Localização: Missão via Connection Orb – Conectar com Mesprit

Mesprit

Tipo:

Localização: Missão via Connection Orb – Silver Rank

Azelf

Tipo:

Localização: Missão via Connection Orb – Conectar com Uxie

Dialga

Tipo: &

Localização: Conectar com Rayquaza

Palkia

Tipo: &

Localização: Conectar com Rayquaza

Heatran

Tipo: &

Localização: Pokémon Viajante

Regigigas

Tipo:

Localização: Triple Point Temple – Silver Rank

Giratina

Tipo: &

Localização: Zero Isle – Diamond Rank

Cresselia

Tipo:

Localização: Missão via Connection Orb – Conectar com Rayquaza

Phione

Tipo:

Localização: Conectar com Manaphy

Manaphy

Tipo:

Localização: Missão via Connection Orb – Platinum Rank

Darkrai

Tipo:

Localização: Rocky Mountain Trials – Ace Rank

Shaymin

Tipo:

Localização: Connectar em Baram Town

Arceus

Tipo:

Localização: Missão via Connection Orb – Obter todos os outros 719 Pokémon

Victini

Tipo: &

Localização: Conectar no Café

Cobalion

Tipo: &

Localização: Oath Hill – Bronze Rank

Terrakion

Tipo: &

Localização: Conectar com Cobalion

Virizion

Tipo: &

Localização: Missão via Connection Orb

Tornadus

Tipo:

Localização: Stormy Seas Dungeon 10F

Thundurus

Tipo: &

Localização: Stormy Seas Dungeon 3F

Reshiram

Tipo: &

Localização: Sky Ruins – Hyper Rank

Zekrom

Tipo: &

Localização: Sky Ruins – Hyper Rank

Landorus

Tipo: &

Localização: Stormy Seas Dungeon 5F

Kyurem

Tipo: &

Localização: Chegar ao último Andar numa Missão – Diamond Rank

Keldeo

Tipo: &

Localização: Conectar com Virizion

Meloetta

Tipo: &

Localização: Conectar com Ludicolo

Genesect

Tipo: &

Localização: Mysterious Geoglyphs – Gold Rank

Xerneas

Tipo:

Localização: Life Tree – Conectar com Latios

Yveltal

Tipo: &

Localização: Missão via Connection Orb – Grand Master Rank

Zygarde

Tipo: &

Localização: Missão via Connection Orb – Grand Master Rank

Diancie

Tipo: &

Localização: Missão via Connection Orb – Conectar com Regigigas

Hoopa

Tipo: &

Localização: Sahra Town – Maijin Lamp