O mystery Continent é uma pequena ilha à qual chegas quando estás prestes a completar o jogo. Esta tem apenas 3 Dungeons, mas são das maiores e com os Pokémon mais fortes do jogo.
Dungeons
| Nome | Último Piso | Como Desbloquear |
|---|---|---|
| Lake of Mysterious Light | B27F | Conectar-se com Rayquaza |
| Guidance Ruins | 40F | Conectar-se com Cresselia |
| Destiny Tower | 99F | Conectar-se com Zygarde |